Viral Vector : arcade de biochimie

Les cellules infectées servent de leurres pour les anticorps, ce qui te laisse le temps de souffler. Infectes-en assez et une cellule boss apparaît. En Facile, chaque cellule boss est un casse-tête sur les virus et nos défenses, sans rien à lire ; en Moyen et en Difficile, elle pose une question et, si tu sèches, tu peux jouer un casse-tête pour gagner un indice. Chaque niveau apporte le casse-tête suivant. Une mauvaise réponse coûte une vie ; en Moyen, une bonne réponse sans indice t’en rend une, et en Difficile, aucune vie n’est rendue.

La science

• Tu es un virus. Les virus ne peuvent pas se copier tout seuls : ils entrent dans une cellule hôte et utilisent sa machinerie pour fabriquer de nouvelles particules virales (la réplication virale).
• La coque. Un virus enveloppe son génome dans une coque de protéines, la capside, souvent faite de nombreuses copies d’une même protéine. Avec le groupe de Jade Forwood, nous avons résolu la capside du virus de la maladie du bec et des plumes, qui tue les perroquets et les cacatoès : 60 copies d’une même protéine, disposées en douze anneaux de cinq.
• Les anticorps. Les anticorps sont des protéines en forme de Y fabriquées par les lymphocytes B. Ils se fixent sur un virus et peuvent l’empêcher d’entrer dans les cellules.
• Les casse-tête. Un virus entre dans une cellule par un récepteur où s’emboîte sa spicule : celle du SARS-CoV-2 se lie à l’ACE2. Les cellules infectées repèrent l’ARN viral avec des capteurs comme RIG-I (en anglais), qui font passer le message par MAVS (en anglais) et IRF3 jusqu’au noyau, et la cellule libère de l’interféron pour prévenir ses voisines ; certains virus bloquent cette chaîne, comme le virus Hendra avec sa protéine W (voir les protéines W des virus Hendra et Nipah avec l’importine α). Les virus changent un peu chaque fois qu’ils se copient (le glissement antigénique) : c’est pour cela que le vaccin contre la grippe est mis à jour chaque année, et un vaccin apprend au système immunitaire à fabriquer des anticorps avant l’arrivée du vrai virus.
• Le quiz porte sur les virus et l’immunité (antibiotiques, antigènes, vaccins, lymphocytes T cytotoxiques, interféron, ACE2) et sur les enzymes (clé-serrure et ajustement induit, pepsine, amylase), l’hémoglobine, la rhodopsine, la famille Bcl-2 et l’apoptose, la kinésine, le signal de localisation nucléaire, la chaîne respiratoire et l’ATP synthase. J’ai participé à une structure cristalline d’une partie de l’ATP synthase : voir la F1-ATPase.

Là où le jeu triche un peu

• Les virus ne savent ni nager ni se diriger : ils dérivent dans le liquide où ils se trouvent jusqu’à tomber sur une cellule qui porte le bon récepteur.
• Les cellules infectées ne servent pas de leurres. Dans la réalité, elles sont éliminées par les lymphocytes T cytotoxiques et les cellules NK ; dans le jeu, ce sont les anticorps qui les poursuivent.
• Les récepteurs n’ont pas la forme d’étoiles ou de carrés, et un virus ne change pas de spicules à volonté : les changements viennent d’erreurs de copie (mutations), et ce sont les virus que les anticorps ne reconnaissent plus qui se répandent.
• Personne ne va chercher les morceaux d’une capside : les copies de la protéine se trouvent et s’emboîtent toutes seules (auto-assemblage).
• Il n’y a pas de cellules-boss et, à notre connaissance, aucun virus n’a jamais répondu à une question de biochimie.